（2006年10月24日上海市人民政府令第63號發布）
第一條 （目的和依據）
為了加快上海國際航運中心建設，促進洋山保稅港區的發展，根據有關法律、行政法規和《國務院關于設立洋山保稅港區的批復》以及上海市與浙江省聯合建設洋山深水港區合作協議，制定本辦法。
第二條 （區域范圍）
洋山保稅港區（以下簡稱保稅港區）包括小洋山港口區域、東海大橋和與之相連接的陸上特定區域，是實行一體化封閉管理并由海關統一監管的特殊功能區域。
保稅港區的具體范圍，按照《國務院關于設立洋山保稅港區的批復》執行。
第三條 （區域功能）
保稅港區主要開展集裝箱港口運輸裝卸，貨物的國際中轉、國際配送、國際采購、國際轉口貿易和出口加工業務，以及與國際航運配套的金融、保險、代理、理賠、檢測等服務業務。
第四條 （管委會及其職責）
洋山保稅港區管理委員會（以下簡稱管委會）由上海市組建，海關和檢驗檢疫等部門、上海市人民政府相關部門、上海市南匯區人民政府和浙江省舟山市人民政府參加，在洋山港區建設省市聯合協調領導小組指導下，統一負責保稅港區的日常事務管理。
管委會可以依法接受上海市和浙江省有關行政管理部門的委托，在保稅港區內履行相關行政管理職責，并負責協調和配合口岸、海關、檢驗檢疫、港口、海事、邊檢、工商、稅收、金融、公安、環保、海洋等有關管理部門在保稅港區的行政管理工作。
第五條 （港政航政和公安管理）
洋山深水港區的港政、航政管理事項，由上海市港口管理局按照國家有關法律、行政法規和國務院有關部門規章實施。
保稅港區的治安、消防、道路交通管理等事項，由上海港公安局洋山分局按照國家有關法律、行政法規和國務院有關部門規章實施。
第六條 （行政管理服務）
除口岸、港口、公安部門以及在保稅港區內設立辦事機構的部門外，其他有關行政管理部門應當在管委會組織下，定期到保稅港區為企業提供管理服務。
有關行政管理部門應當對保稅港區內的行政許可和其他行政管理事項實行當場辦理，但需要聽證、招標、拍賣、檢驗、檢測、鑒定、專家論證或者上級主管部門審批的事項除外。
第七條 （相關服務機構）
管委會委托的保稅港區開發公司對保稅港區內的土地進行前期基礎開發，并為中外投資者提供相關的服務。
管委會設立相應機構，為保稅港區內的企業提供有關咨詢、指導和代辦服務。
第八條 （開發建設的組織協調）
保稅港區的開發建設，應當符合上海國際航運中心洋山深水港區規劃、上海市臨港新城總體規劃以及上海市和浙江省海洋功能區劃等相關規劃，并由管委會負責有關的組織、協調工作。
第九條 （產業政策導向的制定）
管委會應當會同有關行政管理部門根據國家有關產業結構調整的指導目錄，制定和公布保稅港區產業政策導向，并適時予以修訂。
第十條 （行政許可的委托）
除港政、航政和公安等管理事項外，經上海市和浙江省有關行政管理部門的委托，管委會可以在保稅港區內實施下列行政許可事項：
（一）外資主管部門委托的外商投資項目的審批；
（二）發展改革等部門委托的投資項目的核準；
（三）規劃管理部門委托的建設項目選址意見書、建設用地規劃許可證和建設工程規劃許可證的審批；
（四）除新增建設用地外，土地管理部門委托的建設項目用地的審批（含預審）和國有土地使用權的劃撥、出讓；
（五）建設管理部門委托的建設工程報建、建設項目設計方案和建設工程施工許可證的審批；
（六）市政工程管理部門委托的臨時占用道路、挖掘道路的審批；
（七）市容環衛管理部門委托的建筑垃圾和工程渣土排放、處置的審批；
（八）其他有關行政管理部門依法委托的行政許可事項。
管委會應當將依照前款規定實施行政許可的情況報送委托的行政管理部門備案；委托的行政管理部門應當對管委會實施行政許可事項進行指導和監督。
第十一條 （建設項目審批程序）
管委會應當按照委托權限和下列簡化程序的規定，對保稅港區內的建設項目進行審批：
（一）外商投資項目的審批或者投資項目的核準，與建設項目選址意見書的審批、建設項目用地的預審可以一并進行；
（二）建設用地規劃許可證的審批，與建設項目用地的審批、國有土地使用權的劃撥或者出讓可以一并進行；
（三）建設工程規劃許可證的審批，與建設工程報建、建設項目設計方案的審批可以一并進行；
（四）建設工程施工許可證的審批，與需要臨時占用道路、挖掘道路以及排放、處置建筑垃圾和工程渣土等事項的審批可以一并進行。
管委會可以結合不同建設項目的實際情況，對前款規定的行政許可實施程序再適當予以調整、簡化。
第十二條 （企業設立程序）
在保稅港區內設立企業，申請材料齊全、符合法定形式的，工商行政管理部門應當在受理后當場作出準予登記的決定。
在保稅港區內設立企業，依法應當在登記前報經有關行政管理部門批準的，由工商行政管理部門和管委會分別組織有關行政管理部門對內資企業、外商投資企業實行集中辦理，并在受理之日起5個工作日內完成審批手續。
第十三條 （信息服務）
管委會應當會同口岸、海關、檢驗檢疫、港口、海事、邊檢、工商、稅收、金融、公安等部門推進保稅港區信息標準化建設，及時發布保稅港區的公共信息，實現保稅港區信息資源的整合與共享，并為電子數據交換和通關管理提供相關的信息咨詢服務。
第十四條 （相對集中行政處罰權）
管委會設立行政執法機構，在保稅港區享有行政管理權限的領域，依法行使相對集中行政處罰權。
第十五條 （執法檢查）
管委會應當支持、協助有關行政管理部門依照法定程序，在保稅港區內履行行政執法職責；有關行政管理部門完成執法事項后，應當向管委會通報情況。
對有關行政管理部門在保稅港區內日常的行政執法活動，管委會應當進行統一、集中安排；對有關行政管理部門突擊性的檢查、抽查以及應急性的行政執法活動，管委會應當會同有關行政管理部門制定保障執法人員隨時、迅速進行現場執法的方案。
第十六條 （車輛進出管理）
承運貨物的車輛進出保稅港區，應當符合海關規定的條件，經由海關指定的專用通道進出，并接受海關的檢查。
進出東海大橋的車輛，應當符合管委會的有關規定，并接受上海港公安局洋山分局的檢查。
管委會負責協調海關等有關方面，落實必要的監管措施，保證保稅港區的生產、經營和管理車輛以及進出洋山客運中心的社會車輛在東海大橋正常、有序通行。
第十七條 （東海大橋養護、維修的監督管理）
管委會接受上海市市政工程管理部門的委托，負責東海大橋養護、維修的監督管理工作。
東海大橋的養護、維修，應當通過招標投標方式，由符合條件的專業單位按照國家和上海市有關橋梁管理的技術標準和規范實施。
第十八條 （簡化出國出境手續）
對保稅港區內因業務需要經常出國、出境的有關人員，可以實行“一次審批、一年內多次有效”的出國審批辦法，或者辦理一定期間多次往返香港、澳門特別行政區的手續。
第十九條 （關稅和進口環節稅）
對進出保稅港區的境外貨物，不實行進出口許可證件管理，免征關稅和進口環節稅。法律、行政法規另有規定的，從其規定。
第二十條 （生產和流通的稅收）
保稅港區內企業生產的供區內銷售或者運往境外的產品，免征相應的增值稅和消費稅；貨物從保稅港區進入國內銷售的，按照貨物進口的有關規定辦理報關手續，并按照貨物實際狀態征稅。
保稅港區內企業之間的貨物交易，不征收增值稅和消費稅。
第二十一條 （退稅）
國內貨物進入保稅港區視同出口，按照規定實行退稅。
第二十二條 （施行日期）
本辦法自2006年11月24日起施行。