（2005年3月15日上海市人民政府令第48號發布）
第一條 （目的和依據）
為加強長江口中華鱘自然保護區的管理，保護中華鱘及其賴以棲息生存的自然生態環境和自然資源，根據有關法律和《中華人民共和國自然保護區條例》等法規，制定本辦法。
第二條 （保護區性質和范圍）
位于崇明島東灘的長江口中華鱘自然保護區（以下簡稱保護區）是經市政府確定，以中華鱘及其賴以棲息生存的自然生態環境為主要保護對象的特殊區域。
保護區北起八滧港，南起奚家港，由崇明島東灘已圍墾的外圍大堤與吳淞標高負5米的等深線圍成。
第三條 （管理機構）
上海市農業委員會（以下簡稱市農委）會同崇明縣政府負責保護區規劃的編制、保護區的建設及相關管理活動。市農委所屬的上海市長江口中華鱘自然保護區管理處（以下簡稱保護區管理處）負責保護區的日常管理。
上海市環境保護局（以下簡稱市環保局）負責對保護區的環境保護實施指導和監督。
本市海洋、水務、交通、公安和海事等有關部門按照各自的職責，協同做好保護區的管理工作。
第四條 （保護區范圍的調整及其程序）
保護區的范圍可以根據灘涂淤漲、中華鱘分布和活動情況的變化，進行必要的調整。
保護區范圍的調整由市農委會同崇明縣政府及相關行政管理部門提出方案，經自然保護區評審委員會評審后，由市環保局進行綜合平衡，提出審核建議，上報市政府批準并予以公布。
第五條 （界標的設置）
保護區管理處應當按照市政府批準并公布的保護區范圍，在保護區邊界的顯著位置設置區域界標。
第六條 （封區管理期）
在每年5月1日至9月30日的中華鱘幼魚集中活動期間，保護區實施封區管理。封區期間，禁止從事漁業等生產經營活動。
第七條 （非封區管理期）
非封區管理期間，漁民進入保護區從事漁業生產活動的，應當依法辦理捕撈許可證。
第八條 （禁止行為）
禁止任何單位和個人在保護區內從事下列活動：
（一）破壞、損毀或者擅自移動保護區界標和保護設施；
（二）排放、傾倒或者棄置污染物；
（三）采用投毒、爆炸或者電捕等方式采捕水生動植物；
（四）搭建、爆破、鉆探；
（五）挖泥、燒荒、開墾；
（六）其他影響中華鱘棲息生存環境的活動。
第九條 （科研活動的申請和審批）
因教學實驗和標本采集等需進入保護區從事有關科學研究活動的，應當向保護區管理處提交書面申請；境外組織或者個人進入保護區從事科學研究、教學實驗和標本采集活動的，應當向市農委提交書面申請。
書面申請應當包括以下內容：
（一）申請人的基本情況；
（二）進入保護區實施的具體項目和主要目的；
（三）預定活動的時間、內容、規模、人數、范圍以及使用的相關設備等。
市農委或者保護區管理處應當自受理申請之日起20個工作日內，作出審批決定。經審批同意的發給《保護區通行證》；不同意的應當書面說明理由。
進入保護區從事科學研究等活動需捕捉中華鱘或者采集中華鱘魚類標本的，經受理申請的部門審核，并向國務院漁業行政主管部門申請特許捕捉證后，方可從事相關活動。
第十條 （進入人員的總量控制）
保護區管理處應當會同崇明縣政府以及漁政等相關管理部門，制定對封區和非封區管理期進入保護區從事科學研究等活動人員的總量控制計劃。
第十一條 （緊急情況下的進入）
因防汛抗災、災害性天氣影響等緊急情況進入保護區的，應當遵守保護區的各項規定，并向保護區管理處通報；相關情形消除后，應當立即退出保護區。
第十二條 （突發事件處理）
因發生事故或者其它突發性事件，造成或者可能造成保護區污染或者其他破壞的，有關單位或者個人應當立即采取措施，并及時向保護區管理處和當地環境保護部門報告，接受調查處理。
第十三條 （外圍作業的控制）
在保護區周邊進行重大建設工程的，作業單位應當事先與保護區管理處協商，經專家論證可能對保護區內的自然資源及其生態環境產生影響的，作業單位應當采取有效控制措施。
第十四條 （誤捕放生）
漁民在捕撈作業時誤捕中華鱘及其他珍貴、瀕危水生野生動物的，應當立即無條件放生。
第十五條 （應急處置）
任何單位和個人發現受傷、擱淺或者因誤入港灣、河汊而被困的中華鱘及其他珍貴、瀕危水生野生動物的，應當采取應急救護措施，并及時報告保護區管理處；發現中華鱘及其他珍貴、瀕危水生野生動物已經死亡的，應當交由保護區管理處妥善處理。
因保護、搶救中華鱘及其他珍貴、瀕危水生野生動物發生財產損失的，可以向保護區管理處申請補償；經調查情況屬實的，由保護區管理處按照有關規定和標準，給予適當補償。
第十六條 （救護處置）
保護區管理處應當建造暫養救護設施，并配備必要的救護人員，負責傷病中華鱘的救護、醫治等。
第十七條 （繁殖及增殖）
保護區管理處應當協助有關部門開展中華鱘的科學研究，組織實施中華鱘的人工繁殖和增殖放流。
第十八條 （資源調查和環境監測）
保護區管理處應當在保護區內開展中華鱘自然資源調查和環境監測，定期對中華鱘的活動規律、種群數量和行為習性進行巡視。
第十九條 （經費）
保護區的保護經費主要來源于以下渠道：
（一）財政專項撥款；
（二）國內外組織或者個人捐贈；
（三）法律允許的其他籌集方式。
第二十條 （表彰和獎勵）
市農委對在保護區的建設、管理和有關的科學研究工作中做出顯著成績的單位和個人，應當給予表彰或者獎勵。
第二十一條 （行政處罰）
封區期間進入保護區從事捕撈等生產活動的，由保護區管理處責令改正，并根據不同情節處以300元以上1萬元以下的罰款。
擅自移動或者破壞保護區界標的，由保護區管理處責令恢復原狀或者賠償損失，并可以根據不同情節處以100元以上5000元以下的罰款。
在保護區進行挖泥、燒荒、開墾等活動的，由保護區管理處責令恢復原狀或者采取其他補救措施，并可以根據不同情節處以300元以上1萬元以下的罰款。
在保護區進行搭建、爆破、鉆探等活動的，由保護區管理處責令恢復原狀或者采取其他補救措施，并可以根據不同情節處以200元以上2萬元以下的罰款。
未經批準擅自進入保護區從事科學研究等活動的，由保護區管理處責令改正，并可以根據不同情節處以100元以上5000元以下的罰款。
違反本辦法規定，給中華鱘保護和保護區的生態環境造成損失的，由市農委責令當事人依法予以賠償；有違法所得的，沒收違法所得。
第二十二條 （相關部門實施的處罰）
在保護區內采用投毒、爆炸方式進行捕撈，在保護區內排放、傾倒、棄置污染物，或者捕殺國家重點保護水生野生動物的，由環保、漁業等行政主管部門按照相關法律、法規的規定予以處罰。
對違反本辦法，情節嚴重構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第二十三條 （救濟途徑）
當事人對市農委或者保護區管理處作出的具體行政行為不服的，可以依照《中華人民共和國行政復議法》或者《中華人民共和國行政訴訟法》的規定，申請行政復議或者提起行政訴訟。
第二十四條 （施行日期）
本辦法自2005年4月15日起施行。